2023/01/19【人材募集】
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現在、来年度から一緒に研究してくれるスタッフの募集を行っております！興味がある方がおられましたら、人材募集または下記のJREC-INのWebページをご覧ください。
https://jrecin.jst.go.jp/seek/SeekJorDetail?fn=3&id=D123010993&ln_jor=0 |
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2023/01/18【論文】
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九州大学別府病院外科との共同研究の成果が国際科学誌『Cell Reports』に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://www.med.nagoya-u.ac.jp/medical_J/research/pdf/Cel_230118.pdf |
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2023/01/02【ニュース】
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みなさま、明けましておめでとうございます。今年もよろしくお願いいたします。
新年早々、ご報告になりますが、今年1月1日から東京医科歯科大学難治疾患研究所に新ラボ（計算システム生物学分野）を立ち上げる運びとなりました。これに伴い、現在も当研究室で、解析技術開発を進めてくれている林さん、小嶋さんは新ラボに移り、開発を続けていってくれることになりました。名古屋大学大学院医学系研究科システム生物学分野も引き続き、クロスアポイントメント制度で研究・教育に携わっていきますので、どうぞよろしくお願いいたします！ |
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2022/11/25【論文】
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本研究室で新たに開発した、MDシミュレーションにアミノ酸変異によるタンパク質構造変化と熱振動によるランダムな揺らぎを正しく識別するためのベイズ統計モデルに関する論文『Bayesian statistical method for detecting structural and topological diversity in polymorphic proteins』が国際学術専門誌『Computational and Structural Biotechnology Journal』に掲載されました！
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2001037022005323 |
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2022/10/01【ニュース】
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10/1付で、阿部 興さんがシステム生物学特任助教に着任しました。2018年から2年間同ラボで研究に携わってくれた元メンバーです。今後の活躍に期待しています！！
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2022/09/29【論文】
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九州大学大学院医学研究院 脳神経外科との共同研究の成果が国際科学誌『Scientific Reports』に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://www.nature.com/articles/s41598-022-20613-w |
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2022/09/28【論文】
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千葉大学との共同研究の成果が国際科学誌『iScience』に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2589004222015097 |
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2022/09/15【論文】
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学内分子神経内科学分野、分子生物学分野、発生遺伝分野との共同研究の成果が米国科学雑誌『Annals of Clinical and Translational Neurology』に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://www.med.nagoya-u.ac.jp/medical_J/research/pdf/Ann_220916.pdf |
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2022/09/13【論文】
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東京大学との共同研究の成果が国際科学誌『Nature Communications』に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://www.med.nagoya-u.ac.jp/medical_J/research/pdf/Nat_220913.pdf |
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2022/08/31【論文】
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三重大学、学内分子細胞免疫学分野との共同研究の成果が国際科学誌『Cell Reports』に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2211124722010786 |
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2022/08/31【ニュース】
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8月28日から31日までの4日間で、学部生（2年生:2、3年生:1、4年生:4、6年生:1）、大学院生（修士2年生:2、博士1年生:1）と一緒に、北海道中札内村で深層学習・プログラミングスキル向上を目的としたハッカソン合宿を行いました。今回のテーマは、『拡散モデル』、『マルチモーダル深層生成モデル』、『深層強化学習』でした。4日間という短い期間でしたが、11名の学生が各研究テーマの基礎と応用のタスクで素晴らしい発表を行いました。お疲れさまでした！！
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2022/07/16【ニュース】
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7月16日に行われた第4回学際的がん研究夏の学校で学部生4名、大学院生3名が研究発表を行いました。今回、学生が全員初めての研究会での発表でしたが、堂々とした素晴らしい発表でした。お疲れ様でした！！発表タイトルは以下のとおりです。
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2022/06/17【論文】
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学内皮膚科学分野との共同研究の成果が国際科学誌『Frontiers in Immunology』に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2022.876390/full |
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2022/05/10【論文】
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学内精神医学分野と発生・遺伝分野との共同研究の成果が国際科学誌『PLoS ONE』に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0268321 |
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2022/04/01【ニュース】
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4/1付で、小嶋 泰弘さんがシステム生物学特任講師に昇進しました。ますます活躍に期待しています！！
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2022/03/09【ニュース】
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学部３年の半年間研究室に在籍して基礎研究を行う基礎医学セミナーが終わり、発表会が行われました。
4名の学生が以下のテーマで素晴らしい発表を行いました。お疲れさまでした！！
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2021/12/24【論文】
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学内分子細胞免疫学分野と愛知医科大学との共同研究の成果が国際科学誌『Nature Communications』に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://www.med.nagoya-u.ac.jp/medical_J/research/pdf/Nat_Com_211214.pdf |
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2021/12/03【ニュース】
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第44回日本分子生物学会年会にて企画シンポジウム『新興感染症と闘うためのデジタルトランスフォーメーション』をオーガナイズせさていただくとともに、座長および講演をさせていただき、大変盛況のうちに終えることができました。関係者の皆様、また会場に聴きに来ていただいた皆様、どうもありがとうございました！
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2021/11/04【ニュース】
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第94回日本生化学会大会にて企画シンポジウム『データ駆動科学エクスプロージョン』をオーガナイズさせていただくとともに、座長および講演をさせていただき、大変盛況のうちに終えることができました。関係者の皆様、また会場に聴きに来ていただいた皆様、どうもありがとうございました！
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2021/10/01【ニュース】
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今年度の『基礎医学セミナー』が始まり、今年は6名の医学部3年生が半年間基礎医学の研究を当研究室で行います。各自、オミクス解析グループ、イメージング解析グループ、創薬・構造解析グループに分かれて、最新の研究テーマについて取り組んでいきます！
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2021/10/01【ニュース】
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第80回日本癌学会学術総会のシンポジウム『がん研究におけるビッグデータ』（座長：東大・井元清哉先生、慶応大・宮田裕章先生）で『一細胞マルチオミクスデータからの細胞集団ダイナミクスと細胞間コミュニケーションのモデリング』というタイトルで講演をさせていただきました。関係者の皆様、本当にありがとうございました！
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2021/09/16【論文】
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本研究室で新たに開発したシングルセルマルチオミクス解析のための深層学習に関する論文『A mixture-of-experts deep generative model for integrated analysis of single-cell multiomics data』が国際学術専門誌『Cell Reports Methods』に掲載されました！詳細につきましては、こちらのプレスリリースをご覧ください。
https://www.jst.go.jp/pr/announce/20210916/index.html |
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2021/08/20【ニュース】
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今年度 JST グローバルサイエンスキャンパス事業『名大MIRAI GSC 未来の博士人材育成プログラム』で2人の高校生の受け入れを行っています。11月までの期間、当研究室でプログラミングや一細胞オミクスデータの解析に取り組みます。未知の世界に挑み、まだ誰も知らないことを知るサイエンスの魅力を存分に楽しんでください！
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2021/08/19【ニュース】
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第32回高遠・分子細胞生物学シンポジウムで『データとモデルが駆動する生命科学』というタイトルで講演をさせていただきました。錚々たるメンバーの中で発表させていただき大変恐縮でしたが、今後日本を引っ張っていく第一線の先生方の発表を同時に拝聴させていただき、生命を探求する生命科学の楽しさを再確認するよい機会となりました。ありがとうございます！！
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2021/04/01【ニュース】
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4/1付で、林 周斗さん、小嶋 泰弘さんが新たにラボメンバーに加わりました。二人とも医学・生命科学の未来を担う新世代の若手研究者です。今後の活躍に期待しています！！
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2021/04/01【ニュース】
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4/1付で、小関 準さんがシステム生物学准教授に昇進しました。テニュア教員としてますます活躍に期待しています！！
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2021/03/16【ニュース】
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3/16付で、事務補佐員の佐藤史織さんがラボメンバーに加わりました。ラボ運営のサポートよろしくお願いします！！
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2021/02/06【論文】
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本研究室で新たに開発したオミクス解析のための行列因子分解に関する論文『Hierarchical non-negative matrix factorization using clinical information for microbial communities』が国際学術専門誌『BMC Genomics』に掲載されました！詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-021-07401-y |
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2021/01/25【告知】
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今年度も東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの主催で、 統計解析言語 R による実データを用いた統計解析、バイオインフォマティクスに関するプログラミング講義・実習を行います。今年はデータの前処理・加工、シングルセル解析を例に講義を行います。ご興味のある方は下記のウェブサイトから参加登録を行ってください。
https://supcom.hgc.jp/japanese/training/calender.html ー日程: 2021 年 2 月 1 日 (月) ～ 2 日 (火) ー講義時間: 10 時 00 分 ～ 17 時 00 分 (両日) ー会場: Web開催 ー定員: 未定 ー参加費: 無料 ー本講習会は日本語で実施します |
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2020/12/08【論文】
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学内神経遺伝情報学分野との共同研究の成果が国際科学誌『mSystems』に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://msystems.asm.org/content/5/6/e00797-20 |
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2020/10/20【論文】
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本研究室で新たに開発した時系列一細胞CyTOFデータの解析手法『CYBERTRACK2.0: zero-inflated model-based cell clustering and population tracking method for longitudinal mass cytometry data』が英国学術専門誌『Bioinformatics』に掲載されました！詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btaa873/5922807 |
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2020/09/20【論文】
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本研究室で新たに開発した一細胞CyTOFデータの解析手法『Model-based clustering for flow and mass cytometry data with clinical information』が国際誌『BMC Bioinformatics』に掲載されました！詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-020-03671-7 |
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2020/07/22【論文】
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学内精神医学分野との共同研究の成果が英国科学雑誌『Translational Psychiatry』に掲載されました。詳細については、こちらをご覧ください。
https://www.amed.go.jp/news/release_20200722-02.html |
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2020/07/12【論文】
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京都大学との共同研究の成果が国際科学誌『npj Precision Oncology』に掲載されました。詳細については、こちらをご覧ください。
https://www.nature.com/articles/s41698-020-0125-y |
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2020/06/19【論文】
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学内神経遺伝情報学分野との共同研究の成果が国際科学誌『Movement Disorders』に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://www.med.nagoya-u.ac.jp/medical_J/research/pdf/Mov_Diso_200624.pdf |
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2020/06/10【論文】
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金沢大学、東京大学との共同研究の成果が国際科学誌『Scientific Reports』に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://www.nature.com/articles/s41598-020-66455-2 |
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2020/06/01【ニュース】
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6/1付で、廣瀬遥香さんが助教に着任しました！専門は分子生物学、細胞生物学で、趣味はメダカを愛でることです。今後の活躍に期待してます！
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2020/04/20【ニュース】
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月刊「実験医学」5月号 vol.38 No.8に、多階層のオミクスデータに潜んでいるパターンを明らかにするマルチオミクス解析手法についての記事を書かせていただきました。興味ある方がおられたら、是非読んでみてください！
https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/book/9784758125314/index.html |
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2020/03/27【ニュース】
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来年度から神戸薬科大学の講師として異動される阿部 興先生の壮行会を行いました。当研究室に来て破竹の勢いで研究を進めてくれた阿部さんには、本当に感謝してもしきれないという思いです。ありがとうございます！今後の活躍に期待してます！！
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2020/03/03【論文】
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東京大学、東京医科歯科大学、カリフォルニア大学サンディエゴ校との共同研究の成果が欧州分子生物学機構機関誌『EMBO Journal』に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://research-er.jp/articles/view/86948 |
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2020/02/22【ニュース】
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第2回メディカルAI学会にてシンポジウム「データサイエンス・AI駆動型生命医科学研究の新機軸」をオーガナイズさせていただくとともに、座長および講演をさせていただきました。非常に盛り上がるセッションになりましたこと感謝申し上げます。また、株式会社 Parks 様に記事にしていただいた講演レポートがAI技術データベース「アイブン」に公開されております。ありがとうございます！！
https://aiboom.net/archives/17331 |
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2020/01/10【ニュース】
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今月末、ウェットラボとドライラボの緊密な連携により運営する医学・情報学融合解析研究拠点として、5D 細胞ダイナミクス研究センターが完成し、ラボまるごと引っ越します。当研究室では、ドライラボの部門を担当し、オミクス、イメージング、医学、工学、分子生物学、 物理学、数理科学などの様々な関連分野の研究者が有機的に連携し、融合するアンダーワンルーフ型の研究推進体制で、生命システムのダイナミクスを解明する研究に取り組んで参ります。以下の日時に、本センターにおける各種研究への取組みを紹介するイベントを開催しますので、興味がある方がおりましたら、是非ご参加ください。
https://www.med.nagoya-u.ac.jp/medical_J/graduate/class/premium_lecture/ 日時：２０２０年１月３０日（木）午後５時から午後７時 場所：名古屋大学鶴舞キャンパス鶴友会館2階 大会議室 |
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2020/01/07【ニュース】
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1/1付で、小関 準さんが特任准教授に着任しました！専門は量子物理化学、創薬物理化学、機械学習で、趣味ではアメリカン・フットボールの審判員をしている類稀な才能をもつ研究者です。
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2019/12/30【論文】
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本研究室で新たに開発した一細胞CyTOFデータの解析手法『Model-based cell clustering and population tracking for time-series flow cytometry data』が国際誌『BMC Bioinformatics』に掲載されました！詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-019-3294-3 |
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2019/12/26【人材募集】
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当研究室では現在パートの事務補佐員を募集しております。2020年1月に建物も設備もピカピカ☆の新しい研究室に移りますが、スタッフや学生と一緒になって研究室の運営サポートをしていただける方がおられましたら、是非ご検討ください！！詳細は下記のリンクを御覧ください。ご応募お待ちしております。
https://toranet.jp/office_p/jb_1001/ped_02/la_20/Y00435J5/ |
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2019/12/05【告知】
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今年も東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターで、 統計解析言語 R による実データを用いた統計解析、バイオインフォマティクスに関するプログラミング講義・実習を行います。今年はシングルセル解析に焦点を当てて講義をやりますので、ご興味のある方は12月9日以降に下記のウェブサイトをご参照ください。
https://supcom.hgc.jp/japanese/training/calender.html ー日程: 2020 年 1 月 9 日 (木) ～ 10 日 (金) ー講義時間: 10 時 00 分 ～ 17 時 00 分 (両日) ー会場: 東京大学医科学研究所 総合研究棟 8F マルチメディアセミナー室 ー定員: 24 名 ー参加費: 無料 ー本講習会は日本語で実施します |
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2019/12/04【学会】
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第42回日本分子生物学会年会企画ワークショップ『情報と生命の融合科学がもたらす変革～オミクス解析の限界を突破するために』をオーガナイズさせていただくとともに、座長および講演をさせていただきました。７人のオミクス研究を行っている第一線のウェットとドライの研究者をお呼びしての講演で非常に盛り上がるセッションになりましたこと感謝申し上げます！
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2019/11/12【ニュース】
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当研究室助教の阿部 興さんの研究内容が見事に国際会議『APBC2020』の oral presentation に選ばれました！！おめでとうございます！！今回採択された研究内容『Model-based clustering for flow and mass cytometry data with clinical information』はフローサイトメトリーあるいはマスサイトメトリーで取得した一細胞解析のための方法論に関するもので、 後日国際誌『BMC Systems Biology』に掲載予定です。
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2019/10/12【ニュース】
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教授就任時の挨拶、および我々の研究室で行っている研究紹介が名大医学部学友会が発行する名大医学部学友時報に掲載されています。興味ある方は是非ご覧ください！
https://www.med.nagoya-u.ac.jp/medical_J/gakuyuukai/pdf/4ca3d18c8dbe8cc9589243b64908dd3ef884287b.pdf https://www.med.nagoya-u.ac.jp/medical_J/gakuyuukai/pdf/bfc4b5c283e13460a3a753723355a1c28b671988.pdf |
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2019/10/02【ニュース】
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今年も毎年恒例の基礎医学セミナーが昨日から始まりました！今年はなんと 7 人の学生が配属されました。プログラミングやデータ解析が初めての人も多いのですが、この六か月は皆さん楽しみつつ研究に目一杯のめりこみましょう！
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2019/10/02【論文】
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昨年度基礎医学セミナー所属の学部4年生の箕浦くんと当研究室助教の阿部くんの研究内容が見事に国際会議『GIW/ABACBS-2019』の oral presentation に選ばれました！！おめでとうございます！！今回採択された研究内容『Model-based cell clustering and population tracking for time-series flow cytometry data』は時系列一細胞解析のための方法論に関するもので、 国際誌『BMC Bioinformatics』に掲載予定です。
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2019/10/02【論文】
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東京大学先端科学技術研究センターとの共同研究の成果が米国科学誌『Cell Reports』に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://www.med.nagoya-u.ac.jp/medical_J/research/pdf/Cell_Rep_191002.pdf |
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2019/10/01【学会】
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第78回日本癌学会学術総会若手企画『続・10年後のがん研究』において、パネリストとして参加させていただきました。研究費や医療をテーマにした白熱した議論に参加させていただき、大変勉強になりました。今後も若手を盛り上げるような企画に積極的に参加し、日本の癌研究の活性化に貢献していければと考えておりますので、引き続きよろしくお願いいたします。
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2019/09/03【論文】
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国立がん研究センターの研究チームとの共同研究の成果が英国科学雑誌「Nature Communications」に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://www.nature.com/articles/s41467-019-11760-2 |
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2019/09/01【論文】
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大阪大学の研究チームとの共同研究の成果が英国科学雑誌「Nature Communications」に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2019/20190830_2 |
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2019/08/26【論文】
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学内腫瘍病理学分野との共同研究の成果がアメリカ癌学会誌『Cancer Research』に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://www.med.nagoya-u.ac.jp/medical_J/research/pdf/Can_Res_190822.pdf |
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2019/08/22【論文】
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学内腫瘍生物学分野と脳神経外科学との共同研究の成果がアメリカ癌学会誌『Cancer Research』に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://www.med.nagoya-u.ac.jp/medical_J/research/pdf/Can_Res_190820.pdf |
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2019/08/02【論文】
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愛知県がんセンターの研究チームとの共同研究の成果が欧州分子生物学機構（EMBO）の機関誌「The EMBO Journal」に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://www.pref.aichi.jp/cancer-center/cc/press/pdf/190730press_kajino.pdf |
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2019/06/01【ニュース】
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本日6/1より名古屋大学医学系研究科システム生物学分野教授を拝命致しました。
場所は鶴舞キャンパスから変わりませんしスタッフも変わりませんが、研究室はより大きい部屋に移動する予定です。今後さらに大所帯になりますが、やる気のある学生さんと面白い研究をされておられる基礎と臨床の先生方を巻き込んで、最先端のデータサイエンスと数理モデルを基軸に、複雑な生命現象や疾病の理解、医学の発展に資する研究に行っていく予定です。 今後ともご指導ご鞭撻のほどよろしくお願いいたします！！ https://www.med.nagoya-u.ac.jp/medical_J/news/2019/06/19143751.html |
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2019/04/11【論文】
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本研究室で新たに開発したメタゲノムデータの解析手法『ENIGMA: An Enterotype-Like Unigram Mixture Model for Microbial Association Analysis』が国際誌『BMC Genomics』に掲載されました！詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-019-5476-9 |
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2019/03/08【論文】
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大阪大学の研究チームとの共同研究の成果が英国科学雑誌「Nature Communications」に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
http://www.biken.osaka-u.ac.jp/achievement/research/2019/125 |
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2019/03/08【発表】
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基礎医学セミナーで本研究室に配属されている、学士３年 田中 葵くん、野々山海斗くん、飯室敬太くんが、半年間の集大成を『ナノポアシークエンサーを用いたDNAメチル化検出ツールの開発』、『深層生成モデルを用いたがんのマルチモーダルデータの解析』、『腫瘍内不均一性に関わる因子を探索する統計的仮説検定手法の開発』としてまとめ、基礎医学セミナー研究発表会でその成果を口頭・ポスター発表しました。３人とも堂々として適切に受け答えをしていて、本当に立派な発表でした！！
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2019/01/16・24【論文】
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本研究室で新たに開発した機械学習の手法『A Network of Networks Approach for Modeling Interconnected Brain Tissue-Specific Networks』が英国の学術専門誌「Bioinformatics」に掲載されました！詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://www.med.nagoya-u.ac.jp/medical_J/research/pdf/Bioinformatics_20190124.pdf |
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2018/12/21【告知】
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東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター（HGC）において、 統計解析言語 R による実データを用いた統計解析、バイオインフォマティクスに関するプログラミング講義・実習を行います。ご興味のある方は下記のウェブサイトをご参照ください。 https://goo.gl/forms/4KtcB9yM3a0NqzFo2 * 日程: 2019 年 1 月 24 日 (木) ～ 1 月 25 日 (金) * 講義時間: 10 時 00 分 ～ 17 時 00 分 (両日) * 会場: 東京大学医科学研究所 総合研究棟 8F マルチメディアセミナー室 * 定員: 25 名 * 参加費: 無料 * 本講習会は日本語で実施します。 |
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2018/12/21【ニュース】
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当研究室で開発している人工知能技術によるがんの一細胞解析に関する記事が日本経済新聞電子版に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
www.nikkei.com/article/DGXMZO39187040Q8A221C1000000/ |
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2018/11/30【講演】
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第41回日本分子生物学会年会にて企画ワークショップ『時×空間×オミクスが加速する生命科学ルネッサンス』をオーガナイズさせていただくとともに、座長および講演をさせていただきました。今回は１時間半で８人の講演だったため、少し慌ただしいセッションになってしまいましたが、今後も引き続き最先端のオミクス研究を発信するワークショップを企画していきたいと考えておりますので、引き続きよろしくお願い申し上げます。
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2018/11/05【ニュース】
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今年度基礎医学セミナー3年生の歓迎会を柳橋テラスで開催しました！各自研究テーマも決まり、本格的にプログラミングやデータ解析が始まりましたが、皆さんめいいっぱい楽しみましょう！
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2018/10/03【ニュース】
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10/1付で、田中葵さん、飯室敬太さんが３年次基礎医学セミナーの当研究室の所属になりました！同じく、他分野所属の野々山海斗さん、箕浦広大さんも一緒にデータサイエンスやプログラミングを学んでいく予定です。次世代の生命医科学分野を担う有望な学生です！皆さん一緒に頑張りましょう！
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2018/09/27【講演】
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第77回日本癌学会学術総会にて企画セッション『RNA生物学の発展ががん研究にもたらしたもの』にて『Bioinformatics for Single-Cell Transcriptomic Analysis of Tumor Heterogeneity』に関する講演をさせていただきました。今回の発表内容は、シングルセル解析におけるベイズモデリングとAIの活用に関するもので、多くの方々に興味を持っていただくことができました。座長の京都大学の石川冬木先生、大阪大学の石井秀始先生をはじめ、実行委員の先生方、関係者の皆様にこの場を借りて、感謝申し上げます（島村）。
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2018/09/22【講演】
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生命医薬情報学連合大会にて企画セッション『医学・情報学融合研究が牽引するメディカルイノベーション』をオーガナイズさせていただくとともに、座長および講演をさせていただきました。毎年多くの方々に来ていただき、非常に有意義なディスカッションをすることができました。実行委員の先生方をはじめ関係者の皆様、本当にありがとうございました（島村）。
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2018/09/17【論文】
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4/1付に着任した阿部 興さんの2本目の論文が見事に国際会議『APBC2019: The Seventeenth Asia Pacific Bioinformatics Conference』の oral presentation に選ばれました！！おめでとうございます！！今回採択された論文『ENIGMA: An Enterotype-Like Unigram Mixture Model for Microbial Association Analysis』はメタゲノム解析のための方法論に関するもので、 国際誌『BMC Genomics』 の Special Issues に掲載予定です。
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2018/09/14【講演】
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2018年度統計関連学会連合大会にて企画セッション『データ科学から迫る生命医科学研究のフロンティア』をオーガナイズさせていただくとともに、座長および講演をさせていただきました。一昨年、昨年に比べて、さらに多くの方に出席していただき、大変盛況のうちに終えることができました。今後も、生命医科学におけるデータを中心とした最先端の科学研究の現状と異なる研究分野の研究者が活発に議論できる場を作っていきますので、今後ともよろしくお願いいたします。実行委員の先生方をはじめ関係者の皆様、本当にありがとうございました（島村）。
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2018/09/12【論文】
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学内精神医学分野との共同研究の成果が米国科学誌『Cell Reports』に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://www.med.nagoya-u.ac.jp/medical_J/research/pdf/Cell_R_20180912.pdf |
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2018/08/25【論文】
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4/1付に着任した阿部 興さんが来てわずか 3 か月で論文を投稿し、見事に国際会議『The 29th International Conference on Genome Informatics (GIW 2018)』の oral presentation に選ばれました！！おめでとう！！今回の論文『A Latent Allocation Model for the Analysis of Microbial Composition and Disease』は メタゲノム解析に関する方法論に関するもので、国際誌『BMC Bioinformatics』 の Special Issues に掲載予定です。
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2018/07/26【論文】
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九州大学、東京大学、大分大学の研究チームとの共同研究の成果が英国科学雑誌「Nature Communications」に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://www.kyushu-u.ac.jp/ja/researches/view/265 |
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2018/06/11-12【ニュース】
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文部科学省研究費新学術領域研究「代謝統合オミクス」の第2回領域会議に参加しました。当研究室は、公募研究班としての参加ですが、計画研究班、他の公募研究班の方は、みな第一線で活躍される精鋭の先生方ばかりで身が引き締まる思いでした。計測技術と情報解析技術が高度に融合した次世代のマルチオミクス研究の将来性を感じずにはいられない非常に素晴らしい会議でした。
transomics.umin.jp/20180611.html |
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2018/06/05【論文】
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大阪医科大学、米国メモリアル・スローン・ケタリング癌センター、米国ダナファーバー癌研究所の研究チームとの共同研究の成果が米国科学雑誌「The Journal of Clinical Investigation」に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://www.jci.org/articles/view/96769 |
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2018/05/16【ニュース】
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公益財団法人堀科学芸術振興財団の御支援を受け、「堀科学芸術振興財団メディカルAIイニシアティブ」を2018年度から3年計画で始動します。当研究室は、『腸内細菌叢システムの俯瞰的理解のための革新的解析プラットフォームの開発』を担当します。詳細については、こちらをご覧ください。
https://www.med.nagoya-u.ac.jp/medical_J/news/2018/05/16080000.html |
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2018/04/02【ニュース】
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4/1付で、阿部 興さんが特任助教に着任しました！趣味：データ解析、特技：データ解析という統計科学の理論から実データの解析までを器用にこなす新世代の若手研究者です。
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2018/04/02【ニュース】
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4/1付で、松井佑介先生が名古屋大学大学院医学系研究科（保健学）・リハビリテーション療法学専攻の准教授に異動になりました。ラボの初期メンバーがいなくなってしまうのはとても寂しいですが、次のステップに向けて今後さらなる飛躍を遂げてくれることでしょう。今後の活躍に期待してます！！
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2018/01/13【論文】東大、京大の研究チームとの共同研究の成果が米国科学誌「Cell Reports」に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
http://www.cira.kyoto-u.ac.jp/j/pressrelease/news/180111-140000.html |
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2017/12/22【論文】
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ダナファーバー癌研究所の研究チームとの共同研究の成果がアメリカ癌学会誌「Cancer Research」に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
http://cancerres.aacrjournals.org/content/early/2017/12/19/0008-5472.CAN-17-1904 |
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2017/12/14【論文】
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東大、京大の研究チームとの共同研究の成果がアメリカ癌学会誌「Cancer Research」に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
http://cancerres.aacrjournals.org/content/early/2017/12/12/0008-5472.CAN-17-2581 |
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2017/12/06【講演】
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第40回日本分子生物学会年会（2017年度生命科学系学会合同年次会、ConBio2017）にて企画ワークショップ『ハイブリッドサイエンスの新時代 ～生命科学とデータ科学を繋ぐ～』をオーガナイズさせていただくとともに、座長および講演をさせていただきました。今回の企画ワークショップも会場は立ち見が出るほどの満席で、大変盛況のうちに終えることができました。関係者の皆様、また会場に足を運んでいただいた皆様、どうもありがとうございました（島村）。
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2017/11/26【ニュース】
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11/1付で、南賢河さんが特任助教に着任しました！機械学習の中でも特に深層学習の理論的研究を行っている前途有望な若手研究者です！！
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2017/10/21【論文】
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山口大、東大の研究チームとの共同研究の成果が国際科学誌「Journal of Computational Biology」に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29053381 |
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2017/09/19【講義】
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本日 9/19（火）より 9/24（金）までの 4 日間、東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターにて「統計処理言語 R ハンズオンセミナー」と題しまして、統計解析言語 R についての出張講義を開催いたします。この度の 4 日間の講習会では、統計解析言語 R の入門に加え、実データを用いた統計解析、バイオインフォマティクスの講義および実践的な実習を行います。
https://supcom.hgc.jp/japanese/training/2017/06/_r_1.html この度は定員に達したため、受付を打ち切らせていただきましたが、大学や企業での出張講義は常に受け付けておりますので、ご希望の方は気軽にお問い合わせください（島村・松井）。 |
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2017/09/19【論文】
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学内の研究チームとの共同研究の成果が日本小児血液・がん学会英文オフィシャルジャーナル「Pediatric Blood & Cancer」に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/pbc.26823/abstract;jsessionid=0278F9CC56728D9C661B0CF4CF1DE1D5.f03t03 |
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2017/09/08【論文】
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九大の研究チームとの共同研究の成果が日本癌学会機関誌「Cancer Science」に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/cas.13391/abstract;jsessionid=4DB32565C03E85DCAFEB45A3433DDF98.f02t0 |
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2017/09/07【論文】
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学内の研究チームとの共同研究の成果がアメリカ癌学会誌「Cancer Research」に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://www.med.nagoya-u.ac.jp/medical_J/research/pdf/Cancer_R_20170907.pdf |
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2017/09/06【講演】
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2017年度統計関連学会連合大会にて企画セッション『統計科学·機械学習·生命科学のクロスオーバー研究最前線』をオーガナイズさせていただくとともに、座長をさせていただきました。昨年度に続き、多くの参加者とともに、著名な先生方にもご出席いただいた中でのシンポジウムとなり、大変盛況のうちに終えることができました。生命医科学分野におけるデータサイエンスが益々重要になっていく中で、今回のような異なる研究分野の研究者が有意義な研究交流をできる場をどんどん作っていこうと思いますので、どうか今後ともよろしくお願いいたします。実行委員の先生方をはじめ関係者の皆様、本当にありがとうございました（島村）。
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2017/08/18【論文】
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名大、東大、京大の研究チームとの共同研究の成果が国際科学誌「Neuro-Oncology」に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
https://www.med.nagoya-u.ac.jp/medical_J/research/pdf/Neuro_O_20170818.pdf |
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2017/08/08【講演】
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2017.8.8-10に開催された統計関連の国際会議 Conference of the International Federation of Classification Societies 2017 (IFCS2017)にて、特別セッション「The cutting edge of biomedical big data - From bioinformatic methodologies to data analysis」をオーガナイズさせていただくともに、座長・講演もさせていただきました。バイオインフォマティクスに関わる若手統計家が会場に集まり、熱心にメモを取る光景など、熱い雰囲気の中、盛況のうちに終えることができました。ご出席いただいた皆さま、およびご協力いただいた先生方、ありがとうございました（松井）。
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2017/07/28【講演】2017.7.26 - 28に開催された日本プロテオーム学会2017年大会にて、プロテオゲノミクスをテーマに「Systems Biology」のシンポジウムをオーガナイズをさせていただくとともに、座長・講演もさせていただきました。多くの参加者とともに、著名な先生方にもご出席いただいた中でのシンポジウムとなり、大変盛況のうちに終えることができました。がんのプロテオゲノミクスデータ解析へのニーズが高まる中、ゲノムを中心としたオミクス解析の専門家とプロテオミクスの専門家との間で、積極的な議論が交わされました。ご出席いただいた皆さま、およびご協力いただいた先生方、ありがとうございました（松井）。
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2017/07/11【論文】
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本研究室で新たに開発した 2 つのデータ解析手法に関する論文『Tumor subclonal progression model for cancer hallmark acquisition』と『GIMLET: Identifying Biological Modulators in Context-Specific Gene Regulation Using Local Energy Statistics』が国際会議「14th International Conference on Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics」に採択されました！
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2017/07/04【論文】
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東大、京大の研究チームとの共同研究の成果が英国科学雑誌「Nature Genetics」に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
http://www.amed.go.jp/news/release_20170704.html |
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2017/06/26【論文】
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東大の研究チームとの共同研究の成果が「Molecular and Cellular Biology」に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
http://mcb.asm.org/content/early/2017/06/22/MCB.00125-17.abstract |
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2017/05/15【論文】
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本研究室で新たに開発したバイオインフォマティクス手法『phyC: Clustering cancer evolutionary trees』が国際科学誌「PLoS Computational Biology」に掲載されました！
リリース内容は以下のとおりです。 http://www.nagoya-u.ac.jp/about-nu/public-relations/researchinfo/upload_images/20170516_med_1.pdf ソフトウェアも公開中です！ https://github.com/ymatts/phyC |
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2017/03/27【学位記授与式】
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修士２年の畠山悠くんと遠山美穂さんが無事修士課程を修了しました！
これからも頑張ってね！！おめでとう！！ |
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2017/03/17【論文】
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東大の研究チームとの共同研究の成果が米国科学誌「Nucleic Acids Research」に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
http://www.ric.u-tokyo.ac.jp/res/res20170328.htm |
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2017/03/06【論文】
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東大の研究チームとの共同研究の成果が米国科学誌「Cell Reports」に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
http://www.amed.go.jp/news/release_20170301-05.html news.mynavi.jp/news/2017/03/03/126/ |
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2016/06/10【論文】
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九大病院別府病院と東大、阪大のチームとの共同研究の成果が米国学術誌「Annals of Surgical Oncology」に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
http://link.springer.com/article/10.1245%2Fs10434-016-5289-x |
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2016/06/09【論文】
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学内の精神医学分野との共同研究の成果が米国の科学雑誌『Molecular Psychiatry』に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
http://www.nature.com/mp/journal/vaop/ncurrent/full/mp201688a.html リリース内容は以下のとおりです。 http://www.med.nagoya-u.ac.jp/medical/dbps_data/_material_/nu_medical/_res/topix/2016/cnv_20160608jp.pdf |
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2016/03/15【発表】
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修士１年の畠山悠くんが3月15日に行われた平成27年度データ解析コンペティション最終報告会（全国大会）で最終成果の報告を行い、ID-POS部門で見事に特別賞を受賞しました！最後までよく頑張りました！おめでとう！！
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2016/03/09【論文】
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本研究室で新たに開発したバイオインフォマティクス手法『D3M：Detection of differential distributions of methylation levels』が英国の学術専門誌「Bioinformatics」に採択されました！近日中にオンラインから公開される予定です。プレプリント版はこちら：http://biorxiv.org/content/early/2015/08/03/023879
ソフトウェア（R言語）もGithub（https://github.com/ymatts/D3M）より公開しておりますので、ぜひご活用ください！ |
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2016/03/09【発表】
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基礎医学セミナーで本研究室に配属されている、学士３年 高橋 伸平くんが、半年間の集大成を「マルチオミクスデータに基づくエピゲノム変化と遺伝子発現の関連解析」としてまとめ、基礎医学セミナー研究発表会でその成果を口頭発表しました。３年生とは思えない堂々とした立派な発表でした！お疲れさま！！
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2016/03/07【論文】
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東大と金沢大のチームとの共同研究の成果が英国の学術専門誌「Scientific Reports」に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
http://www.nature.com/articles/srep22784 |
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2016/03/05【発表】修士１年の畠山悠くんが3月2日に行われた平成27年度データ解析コンペティション日本計算機統計学会スタディグループ部会で最終報告を行い、ID-POSデータ部門で見事に優勝を果たしました！！おめでとう！！
http://jscs.jp/dac/index.php/meeting/H27meeting |
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2016/02/20【発表】九大病院別府病院と東大、阪大のチームとの共同研究の成果が米国学術誌「PLOS Genetics」に掲載されました。詳細につきましては、こちらをご覧ください。
http://www.kyushu-u.ac.jp/pressrelease/2016/2016_02_19_2.pdf また、2月19日大分合同新聞夕刊に取り上げられました。 https://www.oita-press.co.jp/1010000000/2016/02/19/131228803 マイナビニュースに取り上げられました。 http://news.mynavi.jp/news/2016/02/19/320/ |
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2016/01/25【送別会】秘書の鹿谷さんの送別会を行いました。
約一年間の間、ラボの事務運営を支えてくれました。本当にお疲れ様でした。 |
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2015/12/07【募集】 |
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2015/12/2【講演】第 38 回日本分子生物学会年会ワークショップ『マルチオミックス統合解析の新機軸』のオーガナイザーを行うとともに、『がんの俯瞰的理解のための統合的統計モデリング』に関する研究発表を行いました。今回初めて分子生物学会でセッションを立ち上げましたが、150人収容できる会場はすべて埋まり、大盛況のうちにワークショップを終えることができました。至らぬ点もあったかと思いますが、ありがとうございました（島村）。
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2015/11/28【講演】
日本計算機統計学会 第29回シンポジウム 特別セッション『ビッグデータ』において招待講演を行い、『計算機統計学をとりまく最近のビッグデータ処理』というタイトルで発表しました。超大規模データの集計ツールとしてクラウド環境におけるデータベースBIGQUERYとR言語からの活用方法を紹介するとともに、最新のアンサンブル学習の動向および自身の研究テーマであるオブジェクト指向型データ解析法の紹介をしました。たくさんの方々に来ていただき大盛況のうちに終えることができました。オーガナイズしてくださった先生方を始め、実行委員の先生方、本当にありがとうございました（松井）。
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